Karjalan Pyhäjärvi on maakunnallisesti, valtakunnallisesti sekä kansainvälisesti arvokas vesistö. Alue liitettiin Suomen Natura 2000 -verkostoon 1990-luvun lopulla. Se edustaa niukkaravinteisia kirkasvetisiä järviä, joiden veden laatu on pääosin erinomainen.
Pyhäjärvi kuuluu Pohjoismaiden ministerineuvoston hyväksymiin suojeluvesiin ja erityistä suojelua vaativiin vesiin.
Natura 2000 ei ole vain luonnonsuojelualueiden verkosto. Siinä otetaan huomioon, että ihmiset ja luonto toimivat parhaiten toistensa kumppaneina. Verkostossa ei suljeta pois taloudellista toimintaa, vaan pyritään varmistamaan, että siinä kunnioitetaan arvokkaiden lajien ja luontotyyppien suojelua.
