Yksityiset luonnonsuojelualueet

Merkittäviä luontoarvoja turvataan osaltaan valtion pitkään jatkuneilla suojeluohjelmilla. Suojeluohjelmien alueista muodostetaan mahdollisuuksien mukaan valtion luonnonsuojelualueita luonnonsuojelulain ja -asetuksen päätöksin tai yksityisiä suojelualueita ELY-keskuksen rauhoituspäätöksin. Pyhäjärven valuma-alueella on useita eri valtakunnallisiin luonnonsuojeluohjelmiin kuuluvia alueita ja muita luonnonsuojelualueita:

Soidensuojeluohjelmalla suojellaan suoluontotyyppejä ja monimuotoista suoluontoa. Soidensuojeluohjelman kohde on Kustinsuo, noin 44 ha. Täydennysehdotuksen suokohteita on Pyhäjärven valuma-alueella kuusi. Alueet sijaitsevat Pyhäjärven eteläosissa, mm. Sarvisalossa, Uukuniemen pohjoisosissa ja Marjoniemessä.
Harjujensuojeluohjelma on laadittu harjuluonnon luonteenomaisten geologisten, geomorfologisten ja maisemallisten piirteiden säilyttämiseksi. Suojeltujen harjujen luonnontilaa ja maisemakuvaa ei saa heikentää esim. maa-ainesten ottamisella. Harjujensuojeluohjelmaan kuuluvia alueita ovat Marjoniemen Marjoniemenkangas, Niukkalan Syrjiensärkkä sekä Karjalanjärven ja Suuri-Nivungin vieritse kulkeva Karjalansärkkä-Seiväslamminsärkkä.
Lehtojensuojeluohjelmalla suojellaan eri lehtokasvillisuusvyöhykkeiden lehtoja ja turvataan niiden eläin- ja kasvilajistoa. Alueen luontokokonaisuuteen kuuluu Näsönsalmen harjulehto ja Pajarinselän Kotalahden rantalehto. Papinniemen ukonhattulehto on lehtojensuojeluohjelma-alueen lisäksi myös Natura 2000 -alue.
Rantojensuojeluohjelmalla pyritään säilyttämään arvokasta järvi- ja meriluontoa ja suojelemaan luonnontilaisia, vielä rakentamattomia rantoja. Pyhäjärven rantojensuojeluohjelma-alueet ovat Hummonselän Hiekkaniemen ympäristö, osia Honkaniemestä ja Sorsasaaresta, pieniä saaria Sorsasaaren edustalta sekä saaria Papinniemenselältä.

Valtakunnallisten suojeluohjelmien alueiden lisäksi Pyhäjärven valuma-alueella on 69 yksityistä luonnonsuojelualuetta (1.12.2022), jotka on muodostettu maanomistajan hakemuksesta kuntien, yhteisöjen ja yksityishenkilöiden maille ELY-keskuksen päätöksellä. Yksityisten luonnonsuojelualueiden yhteispinta-ala noin 534 ha ja alueiden keskikoko 1,5 ha.